亚热带林木培育重点实验室于1995年5月由原林业部批复成立，为林业系统首批部级重点开放实验室之一，目标是为区域森林资源高效经营和林业可持续发展提供新技术和科学依据。2001年实验室通过国家林草局评估。2003年中共中央国务院发布关于加快林业发展的决定，亚热带林木培育重点实验室进一步加强了生态类研究条件和力量。

实验室目前布局有分析中心和林木遗传育种、森林经营、生态学、林特资源开发利用等若干专业实验室。实验室现有正式人员90名，其中高级职称45名。实验总面积近2290平方米，拥有各类仪器设备1180余台套，资产原值4715余万元。

实验室成立以来，在重要森林植物种质资源整理与保护、南方用材及生态树种选育与栽培、南方重要经济作物品种选育及栽培、竹类资源开发与培育、区域典型生态系统保育与工程化管理、林特资源开发利用等方面完成科研项目300余项，鉴（认、审）定成果130余项，出发专著60余部。形成了南方松类育种与栽培、抗逆树种选育与应用技术、竹类生物技术与培育、油茶等经济作物品种选育与栽培技术、山茶花种质创制与栽培技术、滨海湿地保育技术、沿海防防林营建、石漠化治理等特色研究领域。实验室成为依托单位亚林所科研任务主要研究试验基地之一。